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我校是國家教育部“人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)”和“特色專業(yè)點”建設(shè)高校。有中醫(yī)學、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)學、中藥學3個一級學科博士點，15個二級學科博士點，23個碩士點，3個博士后流動站，博士學位授予專業(yè)覆蓋全部中醫(yī)藥學科。在2010年的全國博士后流動站評估中，中藥學科被評為全國唯一的中藥一級學科“優(yōu)秀”流動站。有29個本、?？茖I(yè)（方向），除中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)臨床本科專業(yè)外，還設(shè)有護理學、營養(yǎng)學、康復(fù)治療學、藥學等專業(yè)。學校還有12個繼續(xù)教育的本、?？茖I(yè)。 學校已與14個國家和地區(qū)建立了科研、教學、醫(yī)療等合作關(guān)系。學校設(shè)有兩個教育部備案的中外合作辦學項目，分別是中英合作藥學、中英合作護理學項目。

現(xiàn)有國家重點學科4個：中醫(yī)外科、中藥學、中醫(yī)內(nèi)科及中醫(yī)骨傷科學，另有國家重點學科（培育）2個：中醫(yī)醫(yī)史文獻學、針灸推拿學；國家重點學科數(shù)居全國中醫(yī)院校第二、上海地方高校之首。有38個中管局重點學科，6個上海市重點學科（上海高校一流學科），5個上海市教委重點學科。有1個教育部工程研究中心， 3個教育部重點實驗室，2個上海市重點實驗室，7個中管局重點研究室，2個上海市高校E-研究院。在2009年的國家一級學科評估中，中藥學一級學科排名全國第一，中醫(yī)學一級學科排名全國第二；大學擁有國家教育部重點學科和國家重點學科數(shù)居全國中醫(yī)院校第二，上海地方高校之首。

上海中醫(yī)藥大學堅持“不重其全，重其優(yōu)；不重其大，重其特；不重其名，重其實”的辦學理念，堅持“研究教學型、特色型、外向型”的辦學定位，是一所專業(yè)特色鮮明、全國一流、世界聞名的中醫(yī)藥高等學府。